5月19日菲律宾交通部透露，可能资助棉兰老岛铁路项目的全部工程。据《菲律宾商报》20日报道，菲交通部负责人在记者会上说，目前进行的多机构及政府部门会议，正在评估是否利用的官方发展援助，为棉兰老岛铁路的第一期工程提供资金。官方发展援助是政府的援助，一种贷款或补助金，为的是促进发展家的经济发展。
棉兰老岛铁路项目第一期工程总长为100多公里，连接菲律宾北达沃省塔古姆市、达沃市和南达沃省迪戈斯市。预料车程时间将从3.5小时缩短为1.3小时，项目预计2021年完工。该工程的成本约360亿菲律宾比索(约合44亿元人民币)，最初的计划是由政府拨款。美国有线电视新闻网(CNN)20日援引菲交通部的话说，如果为整个项目提供资金可能会更好。菲交通部称，因为已经表达有意为棉兰老岛铁路的未来工程提供资金，人们担心，如果第一期工程并非由实施，将来可能很难争取到对棉兰老岛铁路项目其他工程的支持。
菲律宾交通部19日强调，这一期的工程在“正轨上”，目标是在2021年完成。菲交通部铁路副部长巴丹当天反驳了有关项目被故意延期的指责。菲律宾《每日问询者报》20日报道，巴丹在声明中表示，他的手下、助理副部长托伦蒂诺发表虚假、误导性和没有依据的言论，在交通部长和驻菲律宾大使会面之前，他没有资格表态。
5月18日，托伦蒂诺召开新闻发布会称，他怀疑某些比他级别高的官员，企图让特定企业夺得该计划的招标。他说，因为这些人想通过棉兰老岛铁路项目达到借款目的，而实际上该项目已经有360亿比索预算。他还声称，如果使用外国贷款，会拖延项目的进程，光是完成相关文案工作就需要两年的时间，并且会对外国承包商更有利。菲律宾交通部随即表示，托伦蒂诺的新闻发布会是未经授权的，因为他没有获得来自交通部长的许可。巴丹5月19日澄清说，棉兰老岛铁路项目位于岛上的铁路就有1500公里长，是项巨大工程，“我们不能在项目建设上鼠目寸光，靠传播谣言、哗众取宠和恶意中伤是完不成的”。巴丹表示不会让棉兰老岛铁路项目“脱轨”。
菲律宾《每日问询者报》报道说，棉兰老岛铁路项目从1992年就开始设想，但直到杜特尔特上任后，该项目才正式启动。CNN称，杜特尔特2016年竞选总统期间曾表示，他将优先处理棉兰老岛铁路项目。他说，如果菲律宾能够与达成一项协议，该项目便将是可行的。他愿意在南海争端上“闭嘴”，如果能够帮他在南部建设一条铁路。
